Organizacja wewnętrzna Spółki wynika z jej schematu organizacyjnego, będącego integralną częścią Regulaminu organizacyjnego ustalanego przez Zarząd.

W Spółce wyróżnia się trzy piony funkcjonalne:
1) Prezesa Zarządu, któremu podlegają bezpośrednio:
a) Dyrektor ds. Technicznych;
b) Główny Księgowy;
c) Kierownik Biura Zarządu;
d) Kierownik Działu Spraw Pracowniczych;
e) Kierownik Działu Kontroli Liniowej;
f) Biuro ds. Teleinformatyki;
g) Inspektor Ochrony Danych;
h) Stanowisko ds. Kontroli Wewnętrznej;
i) Stanowisko ds. Zamówień Publicznych;
j) Stanowisko ds. BHP i P. Poż.;
k) Stanowisko ds. Obsługi Prawnej.

2) Dyrektora ds. Technicznych, któremu podlegają bezpośrednio:
a) Kierownik Działu Eksploatacji;
b) Kierownik Działu Technicznego;
c) Kierownik Działu Inwestycji i Remontów;
d) Kierownik Działu Magazynowego.

3) Głównego Księgowego, któremu podlega bezpośrednio:
a) Kierownik Działu Kas Biletowych;
b) Dział Finansowo-Księgowy;
c) Kasa Główna Spółki.